结论：
直接看是哪只 （漫画）
事先整备好放置顺序 （动画）
使用「菜单」 （游戏）
使用图鉴 （共通）
大部分人因为持有的神奇宝贝数量太少而没有此需求
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警告：讨论部分歪楼严重
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首先分游戏，动画，漫画（单指【神奇宝贝特别篇】）。
这件事情得先从神奇宝贝球说起。
正统的神奇宝贝（游戏，动画加黑设定）设定中神奇宝贝球内部据说装潢不错，更有
华丽球这种来自资本主义的银弹。 但是很明显，神奇宝贝球是不透明的。
这点成为了漫画与其他两者的区别。漫画中神奇宝贝球一半透明，而且神奇宝贝们可以在球中对话，卖萌，蓄力招数甚至破坏神奇宝贝球…… 因此漫画中只需看一眼就可以分清楚是哪只。
PS： 不过既然如此，反正放不出来还会造成对战困难（VS坂木）。那么为什么不直接全放出来围观呢？就算遵循战斗规则也没必要啊……
而神奇宝贝球的定义在不同世代都有变化，在动画中经常有神奇宝贝在受伤/气绝/中毒……进不了宝贝球而造成危机的情况，可见神奇宝贝球有一定的 冷藏柜 的作用。
然后共通点是， 神奇宝贝球有胶囊设计 ，所以虽然在动画中没怎么看出来大部分人是从哪里摸出一个球变大砸出去的，但至少 小智是像西部牛仔一样用了某种装置别在裤腰带上的。
那么这时就很简单了，首先把神奇宝贝全放出来，再一个一个收回来就行了。
这还是建立在全部的球长得一样的情况下，事实上我们可以 使用不同的神奇宝贝球 ，或者从珍珠钻石起引进的
贴纸等。详细方法参见各类卡牌类桌游。
接下来，先讨论一个很讨厌的问题——关于神奇宝贝的时间发展问题。
特别篇中，时间是有大致规划的。跨越不算太大。 科技发展程度就逻辑上来说也差不多 。（都很黑科技）
游戏中从gen1（红绿）到gen6（XY）的各代正统作品中，时间顺序为：
红绿黄，火红绿叶】一段时间后】金银水晶，心金魂银】？？】红蓝绿宝石】？？】珍珠钻石白金】？？】黑白1】一年】黑白2】？？】XY
可见，除了gen1与gen2与gen5两代之间有比较明确的继承关系之外，就只剩一些小细节提示时间顺序了。比如
嘉德丽雅和一群没事就度假的冠军馆主与没事就抛下道馆打锦标赛的冠军馆主等。但是 时间顺序是明确的，科技跨越也不小 。
最后是动画了。虽然智爷号称永久的十岁，但是各个世代之间无疑是有时间差的（废话）。最明显的就是小瑶在珍珠钻石篇再露脸时赢得了方元的舞姬的称号：在宝石篇结束前小瑶还是一个类似于选秀新星的程度，但是再出场时已经是小明星的等级了——所以时间跨度还是存在的。
那么问题在于，在小智旅行期间，「神奇宝贝——人类」文明的科技进步了多少呢？
神奇宝贝图鉴
（图片来自神奇宝贝百科）
不上太多的图，但是可以很明显的看出， 图鉴的发展为：GB，GBC，GBA，NDS，智能手机，平板电脑。
越来越高科技了，大木你就是渣啊！
比起其他东西，图鉴能更直观的反应出时代的进步。
我提出个大胆的假设： 神奇宝贝图鉴具有「神奇宝贝管理系统」！
就像XY那样，没有3ds的ds们可以想象成哔哔小子3000那样方便的黑科技。
在游戏中，不用多说，我们都是用菜单来管理神奇宝贝的，但是无论是手机，手表还是什么其他的神奇东西，解释成神奇宝贝图鉴都不过分。
在漫画中，图鉴可以直接看血条和等级（……），那么真是想怎么管理就怎么管理了。
事实上，由于图鉴在解释中有「按B键可以取消进化的功能」（动画游戏漫画通用设定，因为图鉴实质上是掌机的化身）。那么你说你没有这种功能我反而不太相信了……
但在动画中就比较尴尬了，最近图鉴的存在感只剩下念念神奇宝贝图鉴了，专业性还不如AB站自带的字幕君。
所以，关于图鉴的问题最大的破绽在于：神奇宝贝——人类文明发展程度如何？
根据设定，我们知道神奇宝贝球刚刚发展了数年，而神奇宝贝图鉴这是在这之后出现的。并且是个博士好像都会做。
在漫画中，图鉴的作用十分之炫酷，是区别路人和主角的重要途径——「图鉴持有者」。
在动画中，虽然看起来博士乱发图鉴，但是考虑到不到一年（笑）的时间估计整个世界都没发很多。
在游戏中……所以这是要闹哪样啊！
总之，从gen1到gen6之间科技的跨度一方面很大（游戏，漫画），一方面很小（游戏，动画）。 从GB到未来的半透明界面平板电脑只要1年不到，就算有什么奇怪的应用或者科技发展也不会有问题吧。
另一个不容忽视的细节在于， 很多人没有很多的神奇宝贝，除了专业的神奇宝贝训练师，大部分人是养不了6只戴在身上的。 （养过猫狗的都知道，一只就能折腾死你了）所以他们就算没有图鉴也没有关系呢！
另一方面，前面提过由于神奇宝贝球没有出现几年（动画逻辑），神奇宝贝联盟根本也没出现几年。再联系智爷的对战遭遇与感情遭遇，很可能「10岁就可踏上旅程」这一点根本就是政府的阴谋外加少子化的对策罢了……
事情就是这样啦~动画你继续编吧！
