原因有三
1.國教的教義主旨客觀上基本正確，比帝國真理更接近宇宙的真相，帝皇是神，忠於帝皇的人死後確實會回歸金色太陽，對帝皇的虔誠確實會引發基於亞空間效應的神跡。
這世界上萬事萬物都敵不過實事求是四個字，國教比帝國真理更接近真相，更實事求是，帝國真理自然幹不過國教。
你不能說因為帝國真理是帝皇本人提倡的就一定正確，帝皇自打臉的事情也不是一次兩次了，比如尼凱亞會議裏的一刀切就是一次明確的嚴重政策失誤。
2.國教確實有用，我們刻版印象中腐朽無能，吮吸民脂民膏的教會形象實際上是受到中國唯物主義教育和日式西幻的影響，實際上戰錘中的教會總體而言一直是正面形象。
不是說戰錘裏的教會就沒有腐朽和貪汙現象，但這種現象主要集中在救世帝皇聖殿派主導的鮮血王朝，在範迪爾的統治被終結後，活聖人塞巴斯蒂安索爾主導下，教會由光明派進行改組後成為了一個相當精幹高效的機構，宗教信仰成了很多遙遠星球忠於帝國的主要紐帶。
國教同樣組織軍隊開疆拓土，攻打異形和混沌，用信仰保護人類靈魂不受威脅，對帝皇的信仰對於抑制混沌的腐蝕，保護靈魂的成效是明顯的，甚至有人類平民被混沌奴役後依舊偷偷祈禱行天鷹禮的情況，戰鬥修女迄今為止只有一例 主動投敵 的例子即為明證，就忠誠度而言，她們比星際戰士還要可靠。
當受祝的爆彈確實能擊破巫師的護盾，被賜福的聖水確實能愈合傷口並消炎，修女們縫制的戰旗確實能驅魔辟邪，上至原體下至大頭在忠誠的情況下戰死後確實能面聖，活聖人僅僅憑著一個鐵質的天鷹徽就能驅逐惡魔時，有什麽理由不接受國教呢？
更不要提無數聖職人員僅僅憑借一本聖言錄和滿腔熱忱就去群星間布道，無數世界在他們的鼓動下不費一槍一彈便皈依帝國，在很多叛變的世界，戰鬥到最後的不是教會就是法務部，虔誠的信徒可以在不做防護的情況下就踏足於被混沌腐化的地方，神職人員和戰鬥修女在各條戰線上沖殺陷陣，國教已經事實上成了帝國不可或缺的支柱，這一支柱作用就連攝政王也不能不認可。
另外，由於國教萬年以來的供奉和信仰，攝政王感覺帝皇其實比以前還要強大了……
3.帝皇本人默許了，叛教時代末尾，帝皇召見了初代戰鬥修女的領袖們，由禁軍直接傳令，面聖後的戰鬥修女們出來後第一件事就是砍了範迪爾，然後開啟城門迎接塞巴斯蒂安索爾帶領的起義軍隊進入皇宮，叛教時代終結。
另外摧毀了範迪爾鎮壓起義軍的艦隊的亞空間風暴被普遍認為是帝皇引發的，那場風暴直接就叫帝皇之怒。
此事標誌著帝皇正式認可了國教，此後活聖人現象的大量出現更證明了這一點，因為活聖人就是帝皇一部份意誌的直接承載者。
大裂隙之後帝皇頻繁發力，顯聖，協助帝國諸軍抵抗洶湧魔潮，導致帝國內部的國教信仰進一步被強化，可以說此時的帝皇已經放下了最後的矜持，親自下場了。
由於以上三點，大部份星際戰士不會反對國教，事實上國教甚至在部份星際戰士中開始傳播，至於禁軍，他們從一開始就知道帝國真理是謊言，帝皇又默許了，他們幹嘛要反對？
