這部電影充斥著太多「莫名其妙」的情節。人物行為無邏輯，人物塑造扁平化，人物關系交代不清，世界觀支離破碎。
首先，一部電影要讓觀眾入戲，必須要進行一些必要的前情交代，把資訊一步步透露給觀眾。 影片一開始，馬山是誰？馬山為什麽離開749？為什麽討厭749？749局為什麽認定馬山一定可以消滅零號生物？這些疑問，不斷地在觀影過程中冒出來，可影片始終不給一個明確交代，只靠幾個閃回畫面，叫觀眾自己去腦補。
可是，觀眾憑什麽要自己腦補？這都是影片應該透過情節建置，人物對話告訴觀眾的。
其次，馬山人物的「莫名其妙」也漸露端倪。
馬山逃過了追捕他的第三小隊，被夏婳用地鐵帶回了749局。 這時候，我們陷入一種馬山與夏婳人物關系的糾結中，這倆人交情如何？深度如何？ 回應我們的只是兩個人的緘默不言。或許，導演認為，觀眾應該可以透過兩人的眼神，把一切都判斷到吧。他只給了大家一個閃回。可這樣一個閃回，根本就撐不起兩人後面的人物關系，尤其是夏婳對馬山超乎尋常的關心，馬山對夏婳無來由的信任，沒有更多前情交代，只會讓人覺得「莫名其妙」。
更何況，夏婳是誰？她在749是什麽身份？什麽地位？毫無交代，莫名其妙。
在接下來的情節中，我越發覺得， 馬山這個人物，完全就是一個傀儡，沒有頭腦，沒有語言，面對別人的壓迫，只會像「動物」一樣反抗。 用頭撞破鏡子，不斷逃跑，馬山真的發育完全了嗎？他的態度呢？思考呢？想法呢？馬山對這些所謂「老同學」什麽態度？
不，馬山沒有態度，他是一個沒有主動性的主人公，沒有自己的靈魂，而被導演操縱人生。
此外，影片在建置外星人世界觀上，也很莫名其妙。
坑底怪物（零號生物）、外星翼人、怪鳥它們三者到底是什麽關系？ 坑底怪物和外星翼人是什麽關系？為什麽坑底怪物的碎片，會組合成外星飛船，而外星翼人最後活了？
第二，馬山和坑底怪物什麽關系？馬山是坑底怪物汙染了人類基因後生出來的孩子，可他為什麽是翼人？不應該是「大沙蟲」嗎？如果馬山是翼人的後代，坑底怪物為什麽會說馬山是它的人？
第三，怪鳥從哪裏來的？普通鳥類被坑底怪物汙染變異了？還本就是另外一種外星生物？影片越看，問題越多，最後都沒有答案，怪哉，怪哉！
最後，咱們再說說749局的王牌武器——第三小隊吧。
影片雖然沒有明示，但第三小隊應該是特異功能小隊。按理說，這樣的小隊，每人都是一支軍隊，是中國「X戰警」， 絕對不應該是戰場上最後一支上場的，能力越大，責任越重，本來是訓練出來殺滅怪物的小隊，理應第一個上戰場。
結果呢？749局先讓一些普通軍人「死絕」了，最後才派出這支小隊。而這支小隊，之前在影片中一直是「裝逼」的存在，我們期待能夠見到他們的超能力，結果等待我們的， 是他們的冷兵器徒手搏殺。 敢情，他們比一般人，就是跳得高點，體力好點啊，這該死的超能力，一分也見不到。
影片邏輯上，也有一些很可笑的部份。
比如，夏婳開車帶馬山回749，高速公路斷了，夏婳和車掉了下去，馬山飛下去把夏婳救了。 請搶答題！這條高速公路有多高？ 夏婳掉下去還有時間在車裏動，馬山還有時間把她救出來，如果在咱們現實生活中，恐怕，馬山還沒往下跳，夏婳已經成肉泥了。
第二道搶答題，馬山的翅膀是真長出來，還是假的？
影片後半部份， 馬山長出來的翅膀在縮回去後，馬山衣服上，沒有任何沖破布料的痕跡。 那我有理由相信，馬山的翅膀是假的，是幻翅。但矛盾又出現了，馬山在媽媽肚子裏的時候，翅膀都可以透過X光看到了，就證明他的翅膀是真的。有時候是真的，有時候是假的，是我們瘋了，還是馬山瘋了？
人為什麽會死？因為人類無知，即便科學家也是如此。
於是，吳晗說著「沒有零號生物攻擊人類的記錄」，毅然決然地走向了死亡，成就了第一個被零號生物殺死的人，以自己的獻身精神貢獻了科學記錄。
死得其所，死得「莫名其妙」。
也這把這句話，送給這部影片。
