既然题主求推荐，那稍微指个路。
少年漫这块，论作者性别，女作者刻画亲子矛盾比男作者多；论杂志风格，少年sunday的作品刻画亲子矛盾比少年jump和少年magazine多。
稍微举几个例子：
同样是爸爸长年不务正业，把孤儿寡女丢在家里不管，
画同人本出身的腐女作家笔下的孩子对爸爸的态度
喜欢伪娘的游戏宅男作家笔下的孩子对爸爸的态度
可谓是天壤之别。
同样是给主角天降爹妈，
少年jump和少年magazine的主角一般是出场孤儿，中期认亲，全程不太走心。
而少年sunday的主角往往是在真正的父母以外，还有一个温馨的正常家庭。
在J家和M家的铁血战士的映衬之下，S家的风格显得如此温情款款。
这也符合一般人所谓「女作家比男作家更细腻」，「jump是可乐，sunday是茶，magazine是酒」等等经验性的认知。
指路指完了，稍微说说自己的想法。
我个人认为，某种程度上「要不要在少年漫画里刻画亲子矛盾」——引申一下就是「要不要在少年漫画里深入挖掘家庭关系」——对作者来说不是个选择题，而是一道判断题。
什么意思呢？
就是说作者在面临这个问题的时候，只有要和不要两个选项，选择的答案不同，会导致作品走向完全不同的整体风格和路线。
而并不是一堆矛盾冲突摆在作者面前，作者三挑两拣选了几个凑一块，可能选了亲子矛盾，也可能没选，最后无论如何都能拼出一个作品。
深入挖掘家庭关系，就意味着少年漫画这类以满足少年读者的青春期幻想为终极目标的作品，要对自己的目标受众作出筛选。
如果故事迎合的是无处安放的躁动青春，需要的是浪迹天涯探索世界的主角，那么浓墨重彩刻画他的家庭关系无疑是累赘（即所谓妈妈是冒险的反义词）。
但如果故事迎合的是不知如何自处的忧郁青春，需要的是逐步摸索自我和外界的边界的主角，那么深入剖析他与身边人的人物关系，比如（广义上的）家庭关系，是非常有必要的。
所以这个事归根到底还是要看作者和作品的风格，开头举的连载平台和作者性别的例子只是表象。
虽然经验告诉我们女性漫画家在刻画亲密关系方面更富有同理心和想象力，但性别在这个问题里只是个相关性因素而不是因果性因素。
比如身为连载于少年jump的男作家，久保带人不是也画出了黑崎一护这种恋家男主角吗？（幽游白书咱就不说了）
懂了这个「青春二分法」，回答这个问题就简单了。
为什么刻画亲子矛盾的作品比较少？
很可能就是市场的原因。
尽管一部分作品基于作者个人偏好以及杂志平台的定位愿意迎合某些青春疼痛小鬼，着墨于家庭关系，但这终究是少数派。况且，就算是迎合青春疼痛小鬼，也未必就要涉及到亲子。朋友、兄弟，同样是常见的选择，甚至可能效果更好（有意外收获）。
主流的少年漫受众爱看的永远是刀剑与神秘能量，正义与拯救世界，梦想与伙伴的眼泪。
毕竟「青春期」这个词从它诞生那天起，就和「白日梦」牢牢地绑定在一起了。就像久保带人说的：
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