很简单，因为银河里的大势力「星际和平公司」把星核猎手当成反派。
「反派」这个概念一直都只是相对的。两方有强烈的利益冲突，才会对立。那彼此就互为「反派」。
仙舟的阅读物中，有一份【大敌名录】：
可以看得出来，仙舟人是把反物质军团和丰饶民当成「大敌」的。大部分仙舟人的认知里，丰饶民还有药师，就是他们眼中的「反派」。
各方势力的利益不同，所以他们对待某个特定势力的态度也会不一样。那我们来看看，有多少势力会真的把星核猎手当成「反派」呢？
列车组 ：
虽然剧情中各种明示暗示了星核猎手会在旅途中一直「陪伴」列车组。但是单从列车组的角度来讲，星核猎手也只是「公司的通缉犯」。
爷其实算是连接列车和星核猎手的纽带，列车组和星核猎手产生大量交集，也基本都是从爷上车之后。
列车组对待星核猎手一直是一种「谨慎提防」的态度。虽然得防着，但是列车组最后听了卡芙卡的话还是去了罗浮。也没有去找公司举报说发现星核猎手了。列车组对星核猎手可能更多的是「私人恩怨」
不过这件事情，其实当事人也没啥意见。
老杨和姬子肯定都已经看出来了，星核猎手其实并不会害列车组，尤其不会害爷。但是他们的出现往往预示着事情会比较危险，不得不警惕起来。
列车组和星核猎手，就是两股交织的命运，你作为其中一方，发现另一方也出现的时候，你就知道：进主线了。
仙舟 ：
实际上仙舟针对的并不是星核猎手，而是刃。刃是实打实的仙舟重犯。而卡芙卡则是因为出现的时机问题，成了仙舟的怀疑对象，所以才通缉并且把她抓了。结果后来发现，卡芙卡在整个罗浮的事件中竟然是铁好人，所以就又把她给放了。说明仙舟还是很明事理的，你帮了罗浮，那我们也不能卸磨杀驴。不过一方面，她和刃是同伙，另一方面，刃和卡芙卡都是公司的通缉犯，仙舟不能不给公司面子。所以明面上态度还是不太好。仙舟不可能真的在乎公司的通缉令，他们不会去费心抓其他人，抓到了刃也只会自己去处理。相比于仙舟真正的「大敌」，星核猎手，他们真不在乎。
空间站 ：
对于空间站来说，星核猎手确实造成了相当程度的破坏，毕竟星核猎手的行为，一方面造成了裂界，引来了反物质军团，导致空间站多人牺牲；另一方面，这本身也是对黑塔的挑衅。但是黑塔本人却相对来说更在乎所谓「胜负」。当然，这主要是因为黑塔是个幼稚小鬼（笑
在1.4过完活动剧情之后，你可以从史瓦罗那里得到一封螺丝咕姆的信，信中螺丝咕姆称银狼为「旧友」。
看得出来螺丝咕姆对银狼态度还不错，当然螺丝咕姆本人就非常绅士，对大部分人态度都很好。银狼虽然确实多次「挑衅」螺丝咕姆，但是可能螺丝咕姆看来，她和黑塔一样都是幼稚小鬼（笑
家族 ：
虽然，1.6前瞻的时候，星期日说的好像是给星核猎手发了邀请，但是剧情里没有明说到底是咋来的。这个还不好判断。
不过你在梦境贩售店里能得到一点相关信息，对话中你可以选择给爱德华医生讲自己的梦，其中有一个关于星核猎手的梦，但是讲到一半就会被爱德华打断。
考虑到匹诺康尼和公司的藕断丝连，我觉得这里可能也是受公司的影响。
公司 ：
终于聊到公司了，星核猎手的悬赏令是公司发的，而公司应该也是凭借自己强大的势力和宣传能力，让星核猎手成了宇宙闻名的反派势力。
先看看公司视角下，星核猎手都干了些啥：
当然这个比较笼统，详细一点的过程在千星游记里
很有意思的一点是，耶佩拉兄弟会提到的几个事件中，阿图因、因奴庇斯都只是「怀疑」和星核猎手有关，而后面提到的戈尔康达，则在这个通缉令里完全没有出现。实际上那是泯灭帮自己干的。这个千星游记里的「审判」，其实是泯灭帮在利用星核猎手给自己洗白，把锅都甩给星核猎手。咱不知道你一个毁灭势力为啥要给自己洗白，你不应该到处破坏然后都揽到自己头上吗？也难怪纳努克看不上你们。不过无所谓，反正耶佩拉兄弟会已经没了。
不过还是有一些事件是我们确实知道的，比如针对黑塔的黑客袭击，针对螺丝星的黑客袭击，还有最对庇尔波因特的黑客袭击。（怎么全是银狼干的）
黑塔的袭击事件我们是亲历者。银狼黑掉了空间站的防卫系统，然后引来了小股反物质军团，包括一个末日兽。
星核猎手做这些的目的是为了拿到黑塔手中那个还未启动的星核，然后把它植入到爷的体内，并让爷被星穹列车捡到，然后上车。但是整个过程造成了空间站的受损以及人员的伤亡。
我们从这件事可以看出来，星核猎手在某种程度上是有些「不择手段」的。为了导向他们希望的结局，他们会毫不犹豫地牺牲掉一些无辜者。但是另一方面，我们并不清楚艾利欧看到的所有剧本，也许星核猎手的所作所为，实际上已经是损失最少的剧本了。如果他们不这么做，或许损失会更大？
所以你从自己的视角，并不能分清楚他们是否真的是「反派」。因为立场不同。星核猎手要把事情导向剧本。这是他们的最终目的，也许他们的目的是好的，但我们终究还是不知道他们的目的到底是什么。在这个过程中，他们的手段必然会产生一些损失。这些可能在艾利欧看来，都是引导结局的过程中的「必要的牺牲」。
这种「必要的牺牲」，可能在实际上让公司收到了巨大的损失。公司也是在对星核开展研究的。难免会产生各种冲突，而星核猎手显然不会在乎公司的利益。他们参与过的事件，可能大都对公司造成了损害。你看卡芙卡光在pv里就杀了多少公司的人。这些行动可能都直接或者间接损害了公司的利益。而且星核猎手的手段又不那么光彩，多半是黑客、暴力、心控这种手段。所以给了公司正当的理由去谴责他们，去通缉他们。公司作为垄断经济体，资本的化身，星核猎手让他们一直遭受损失，那公司一定会想办法出掉他们。
不过这些都只是表面上的原因，实际的原因早就明明白白告诉你了。
星核猎手在智库里的信息：
公司眼馋艾利欧啊。这种能力谁不想要呢？尽管有超算，有忆庭，宇宙中能预知未来的东西很多，但是如艾利欧这般精确到分钟的能力，还是令人惊讶。
这种强大的能力，公司怎么可能不想把它据为己有？想想公司对查德威克做了什么。
卡芙卡、刃、银狼、萨姆，他们对公司来说太过危险，虽然他们每一个都身怀绝技，但是收服他们风险太高，而且也并不是完全不可替代。但是艾利欧太独特了，公司很想要，想要抓来研究，想要获得艾利欧的能力。
总结一下吧，星核猎手为什么被当做反派：
最根本的原因：公司觊觎艾利欧预知未来的能力。
而星核猎手行事风格不那么「正当」，成员的能力也的确非常危险。同时星核猎手也的确给公司造成了损失，给了公司通缉他们的理由。而星核猎手信仰成谜，并不知道他们背靠什么势力。
公司用自己强大的势力，把星核猎手宣传成为宇宙中最危险的通缉犯。成了宇宙中大部分势力严重的「反派」。
这套路是不是挺眼熟的？
你就把公司想成美帝，美帝想要干啥事情的时候，总归是为了什么利益，然后找个理由，打一个冠冕堂皇的旗号，然后再使劲宣传让大家都来帮自己。
联想一下现实，是不是就好理解多了？
