有些人会认为在我们的身体里居住了一个灵魂，我们肉体会毁灭，但灵魂却永存。这要从科学的角度试着去证实，却极其困难，而1848年发生的一个意外事故，开始让心理学家也开始去思考和研究这个问题：究竟是什么决定了一个人是他自己？
1848年9月的一天，一位叫做菲尼亚斯·盖奇(Phineas Gage)的美国铁路工人遭受了一次可怕的头部损伤。炸药爆炸将一根铁棒炸飞，铁棒正好斜向上插入盖奇的面部，穿过他脑的前部，撕毁了他大脑左侧额叶的组织，最后从头的顶部穿出。令人惊奇的是，他奇迹般地活了下来，并过了12年才离开人世。但在这12年中，他的心理发生了翻天覆地的变化。那些熟知他的人评论说，盖奇原本是一个可以信赖的可爱工头，但由于自此以后却变成了一个不负责任的、粗暴的恶棍。就本质而言，他已经不再是他自己。
如果肉体只是我们的灵魂临时居住的场所，只是灵魂借以行动的「工具」，盖奇的经历却不得不让心理学家去思考：盖奇虽然在脑部严重受伤后得以存活，但却像完全换了个人，他已经不再是他自己，好像身体虽然还存在，但灵魂却换了个人。心理学家试着去找到一些可信的手段去研究盖奇的心理究竟发生了什么，好在现在的心理学家可以借助诸如脑电图、CT、PET、核磁、近红外等手段去完成这样的研究，经过一系列的研究发现：人脑才是心理的器官。
人脑的构造极其复杂，为了了解脑和心理的关系，我们可以先简单了解一下脑的基本结构和功能：
脑干
脑干主要包含四个部分：延髓、脑桥、网状结构和丘脑，它们主要负责基本的生命机能：呼吸、心跳、警醒、运动、平衡和对于感觉信息的早期处理。
小脑
与脑干和更高级的神经中枢密切合作，控制那些我们不需要思考其细节便能进行的复杂动作，比如行走、跳舞或用杯子喝水。研究还显示，小脑帮助我们让一系列事件保持有序。
边缘系统
这一层脑组织不但有处理记忆和控制复杂动机及情绪的模块，而且还有涉及愉悦和痛苦感受的模块。正是边缘系统产生了恐惧、愤怒和欣喜的情绪。
1. 海马体
海马体的功能是将你的现在和过去联系起来，它还能帮助你记住事物的空间位置。1953年的时候，H.M.亨利·古斯塔·莫莱森（Henry Gustav Molaison）因为癫痫严重威胁他的生命而进行了一次非常极端、实验性的脑手术，手术切除了H.M.两边绝大多数的海马体，手术虽然成功减少了癫痫发作的次数，但术后他每做一件事转头就会忘得一干二净。
2.杏仁核
杏仁核与攻击性和恐惧有关，杏仁核似乎能帮助我们记住对情感冲击很大的事件，比如大地震这样的灾难性事件。
3. 下丘脑
下丘脑中有一些脑的奖赏回路，即「愉悦中枢」。当你的食欲和性欲得到满足的时候，这些「愉悦中枢」会让你感觉良好。下丘脑与情绪还有一种联系，当人们碰到压力或让人情绪不稳定的事情时，它会通过植物性神经向体内器官发出指令来控制身体的反应。同时，它也会向脑垂体发出指令，随后脑垂体再控制激素的分泌，让身体做出能够应对压力的反应。
大脑皮层
1. 额叶
额叶里我们可以找到共同合作以完成高级智力功能（如计划、决策和感知）的模块，而且这一区域还对于人格和气质的形成有重要的作用，一开始我们提到的盖奇的案例就是因为额叶受损而引起了人格的改变。额叶还有一项重要的功能是其中的运动皮层可以利用运动神经向随意肌发送信息来控制身体的运动。
2. 顶叶
顶叶是专职感觉的皮层，它是处理全身感觉（包括触觉、冷热、疼痛和物理压力）信息的主要区域；它将这些信息与脑中的躯体图相联系，以此来帮助我们确定感觉的来源。
3. 枕叶
枕叶接受眼球交替传向视觉皮层的刺激信息，如果有人头部不幸受到重疾而感到「眼冒金星」就跟枕叶有关。
4. 颞叶
颞叶包含听觉皮层，收集到的声音信号就是被送到颞叶进行处理。除了听觉皮层，颞叶还会用来储存长期记忆。
另外，当我们从较为微观的角度去观察，大脑的功能单位是一个个脑细胞，也被称作神经元，神经元通过电脉冲传递信息，一部分传递神经冲动的被叫轴突，在轴突末端，电脉冲刺激神经元释放化学信息，被称作神经递质，这些递质通过一个被称作间隙的狭小空间传递至突出后膜，这就触发了神经元产生自身的冲动，以这种方式，冲动传播至整个大脑，传递过程中发生问题会导致脑部功能失调，也被称作精神疾病。
许多因素都会导致精神心理方面的问题。一些因素是家族性的精神疾病史，父母会通过基因传递至下一代；严重的情感变动或者生活压力过大；抑或是脑外伤。其他因素包括健康问题，如心脏疾病、荷尔蒙失调、药物滥用或药物上瘾、神经递质紊乱。当脑内神经递质紊乱，神经元之间信息传递就会产生问题，最常见的神经递质是谷氨酸，它大大提高了神经冲动在神经元之间传递效率。患有精神疾病的患者，例如自闭症、强迫症、精神分裂症、忧郁症、阿兹海默症患者可能在合成和应用谷氨酸方面有缺陷。5-羟色胺是另一种神经递质，能够调节情绪，反映饥饿感，控制睡眠，例如抑郁症患者通常5-羟色胺含量不足。多巴胺主要负责运动，包括感受压力和上瘾表现，多巴胺含量过低或者运用缺陷可能与精神分裂症、注意缺陷、多动障碍以及其他障碍有关。
从心理学的角度，我们的心理状态是跟我们的生理基础是有直接联系的，比如严重的脑外伤甚至会引起人格的改变，许多的心理精神疾病也跟神经递质有关，而这些疾病很可能都会让我们变得不像是以前的自己。如果灵魂决定了我们是谁，在这些极端的情况下，或许也可以认为灵魂也已经改变。
