題主，那是因為我們被那幫無良的陳年老謠給忽悠了。
事實是：艾薩克·牛頓，終其一生，自始至終，都是一個虔誠而堅定的基督教徒。 宗教信仰主導著牛頓的大部份工作和生活。宗教始終是牛頓的主要學習和研究事務，只是「偶爾」被數學、自然哲學和煉金術打斷。
在牛頓的約1000萬字的手稿中，約有一半是關於宗教的（經文分析、批判和聖經密碼），約300萬字是自然哲學（包括物理學和數學），約100萬字是神秘學（主要是煉金術），約100萬字是造幣廠的工作。https://www. newtonproject.ox.ac.uk/牛頓同學在「進一步思考」之前之後，都是遵循神學的，信仰無比堅定，自識非常崇高，接近歷任先知那種。 只是他不認同三位一體和偶像崇拜，在當時的基督教看來會是個「異端」「敵基督」罷了。
牛頓認為整個基督教庭，從4世紀開始就充滿了對真正教義的背叛和墮落。他投入超大量的時間，分析早期基督教著作和以妥拉/舊約為主的早期經文，想要重現真實的基督教福音。
他的這些觀點，在當時是會被教廷敵視的，輕者生活工作不保，重者丟命。但他很聰明，一生都小心意意隱藏自己，相關的手稿也不公開，聖公會的儀式也去設法避免。（牛頓的絕大多數手稿，被他外甥女的女兒帶到了樸茨茅斯伯爵家族。樸茨茅斯伯爵家族於1936年，開始陸續將手稿分批交由倫敦蘇富比進行拍賣。從此，牛頓手稿逐漸分散到世界各地，並大量披露於世。）
The worship which is due to this God we are to give to no other nor to ascribe anything absurd or contradictious to his nature or actions‚ lest we be found to blaspheme him or to deny him or to make a step towards atheism or irreligion. 我們絕不會把對上帝的崇拜給予其他事物，也不會接受與他的本性或行為不符合的教義，以免褻瀆、否認上帝，或走向無神論或非宗教。-- 節選自Isaac Newton, Irenicum 艾薩克·牛頓 ，伊拉斯謨，未發表之手稿
牛頓不是晚年開始研究神學，他是一生都在研究神學。 經文分析批判等這些神學研究，才是牛頓的主要事務，隔三岔五的會抽空搞一搞自然哲學、煉金術、造幣之類。
而且他在物理學和數學等自然哲學上的研究成果，並沒有導致他對自己的宗教信仰產生任何質疑。 相反的，他出版自己的科學論著的目的之一，就是希望引導和促使大眾思考和相信上帝。
This most beautiful system of the sun, planets, and comets, could only proceed from the counsel and dominion of an intelligent and powerful Being …This Being governs all things, not as the soul of the world, but as Lord over all. . . . The Supreme God is a Being eternal, infinite, absolutely perfect.這個由太陽、行星和彗星組成的最美麗的系統，只能由一個智慧而強大的存在所指引和支配......這個存在統治著萬物，不是作為世界的靈魂，而是作為一切的主。上帝是永恒的、無限的、絕對完美的存在。
-- 節選自Isaac Newton, Philosophiae Naturails Principia Mathematica 艾薩克·牛頓 ，自然哲學的數學原理，1687年出版
但是，牛頓的信仰的真實情況，並不影響他在科學史上的偉大貢獻和科學革命中巔峰一哥的位置。
牛頓所處的17世紀，仍然是宗教氣息濃厚的時代。牛頓作為虔誠的基督教信仰者，致力於宗教理論的研究，並且投身於自然哲學意圖尋求上帝創造的規則，感受上帝的偉能。
然而其在自然哲學上的研究工作，反而促進了科學的成長，並使得宗教在之後的200余年裏從社會和知識兩個領域大振幅結束。歷史在這裏，仿佛是劃了個大大的曲線。
牛頓的兩大著作【 Principia 】和【 Opticks】， 奠定了經典力學的基礎並推動了光學發展，其「觀察現象和進行實驗，邏輯歸納得出自然規律，並大量套用數學工具來系統整理理論」的理念，使得從1543年哥白尼開啟的科學革命，達到頂峰。
在此之後，科學方法迅速擴散推廣，科學知識內容急速膨脹。直到1859年達爾文發表【物種起源】，現代科學最終確立了它在人類知識體系中的核心地位，宗教學和神學研究成了邊緣。
而牛頓同樣投入不少精力的「聖經密碼」研究（2060年預言）和煉金術（金屬轉變，哲人石，長生藥），被後世套用電腦對大文本著作的跳字讀分碼析和現代化學及粒子物理，所否定和推翻。
