以日本戰國中後期為皮，講了一個日系大菠蘿的故事。當然，因為有威廉這個東瀛傑落命的機械降神般的存在，最後故事並沒有暗黑破壞神那麽黑暗，阿秀差一步變成黑暗格拉斯哥流浪也是被威廉給拉回來了。
【以下內容全部為劇透】
很久很久以前，日本近江地區金崎一帶有一個叫做楚葉矢的小村子，村子以鍛造技術和開采名為「靈石」的奇異石頭而聞名近江。
有一天，村子裏來了一個頭上長角的人，選擇在此定居。人們對他感到稀奇，因此稱他為稀人。稀人的真名叫大嶽丸，他身材高大，力大無窮，而其真身，正是日本傳說中的大妖怪。
當時的古日本，妖怪橫行。村民們對大嶽丸越來越害怕，而人們的恐懼最終也刺激了大嶽丸，並最終讓他爆發出了強大的妖力，殺死了許多無辜之人，一時天地變色，沒有人敢於接近這頭大妖，眼看楚葉矢就要在他手中滅亡。
村中的一位年輕人用最純粹的靈石打造了一把七支刀，是為楚葉矢丸，這把刀威力無窮。年輕人手持楚葉矢丸斬殺了無人能戰勝的大嶽丸，還村莊以安寧。
在這之後，楚葉矢在這位年輕人的帶領下建立了討鬼隊，楚葉矢也自此變成了討鬼之鄉。年輕人自稱無明，而這也成為了楚葉矢歷代首領的名字。
時間來到仁王2的故事開始前，時代已經來到了戰國時代中期，上一代無明，也就是主角阿秀的父親，秀龍，在不斷討鬼的生涯中陷入了迷茫。正在此時，他遇到了一個心地善良的女妖怪，深芳野。深芳野的出現讓秀龍相信妖怪並非都是十惡不赦的，人類和妖怪理應可以共存。深芳野也如此相信著。兩人十分投機，並很快墜入愛河，秀龍為了實作自己的理想，放棄了楚葉矢首領之位，並擊碎了楚葉矢丸，楚葉矢討鬼眾自此開始衰落。
秀龍和深芳野結婚後，很快深芳野為秀龍生下了一對雙胞胎，秀龍用自己的名字分別為他們起名為：義秀（即本作主角）、義龍。
然而深芳野認為，雙胞胎是不祥之兆，她決意要將兩個孩子分開。於是她帶著年幼的秀離開了秀龍，母子兩人隱居了起來。
秀龍遍尋深芳野不著，事已至此，他只能按自己的方法來完成兩人的理想。他改名為齋藤道三，一邊撫養義龍，一邊以一介賣油人的身份，最終拿下了美濃國，成為了一方大名。成為大名後，道三明面上參與戰國時代的群雄逐鹿，暗地裏則為了防止擁有強大力量的靈石被濫用不斷的收集，並將靈石儲藏在稻葉山內一處地洞，此處即為蝮蛇神域。
無論是道三還是深芳野都沒有註意到，一個真正的威脅已經蘇醒。被初代無明斬殺的大妖怪——大嶽丸，其實並沒有真正死去，在初代無明死去數百年後的現在，他的意識再度復活歸來了，並化身為一個叫果心居士的人類，四處利用人類的邪惡之心作惡，以圖讓世間充滿荒魂，讓自己可以真正復活歸來。
果心居士很快註意到了深芳野這個與眾不同的妖怪，發現她的目的和理念後，果心居士震怒不已，因為深芳野和齋藤道三的目的如果達成，妖怪和人類和平相處的世界到來，他的本體大嶽丸復活就成了泡影。他來到深芳野隱居的村子，殺死了深芳野和她的孩子義秀。深芳野彌留之際，借助楚葉矢之刃的碎片的力量和自己的妖力救活了義秀後，最終香消玉殞。
復活的義秀失去了語言能力和名字，當別人問名字叫什麽時，也只能展示母親給自己留下的小刀上的「秀」字來回答。
半妖·秀靠著自己長大成人，擁有一半妖怪血統的的秀在習武一道頗有天賦，以接受各個村子消滅妖怪的委托為生。某一天，秀收到了一封信，邀請自己前往一座名為十三櫻村的小村落，在最大的櫻花樹下一聚，寫信的人名為木下藤吉郎，即為日後的平民太閣，豐臣秀吉。
仁王2的故事由此開始。
秀在十三櫻村消滅了為禍此處馬頭鬼後，妖力險些失控，此時藤吉郎登場並以靈石的力量拯救了秀，藤吉郎是一個販賣靈石的商人，這種起源於楚葉矢的黃色石頭如今已經遍布日本，其中蘊含著極其強大的力量，甚至可以改變戰爭的走向。但是開采靈石是十分危險的活，需要和妖怪、強盜等戰鬥，藤吉郎需要一個武藝高強的同伴，他在各個村子行走時聽說了有一個四處接受委托消滅妖怪的半妖，這個半妖正是秀。藤吉郎因此透過百般手段將信交給了秀，這才有了十三櫻村的這場邂逅。
秀感念於藤吉郎的救命之恩，以及被他想要打造人類和妖怪共存的社會並登上天下的頂點的理想觸動，同意成為藤吉郎的同伴，因此他從藤吉郎那裏得到了自己的新名字——秀千代（藤吉郎則直接叫「阿秀」）
藤吉郎和阿秀一起一邊四處完成委托，收集靈石，一邊前往最近的美濃，見到了藤吉郎最大的主顧——齋藤道三。然而此時，道三和阿秀都沒有意識到對方就是自己的至親。
於是藤吉郎和阿秀開始完成道三的委托，並在這過程中救下了美濃踏備山中千子家的鐵匠千子豐，並結識了楚葉矢眾這一代的首領——無明。
某一日，道三的親子，現任美濃齋藤家當主齋藤義龍忽然掀起了對道三的反叛，攻入了道三居住的「蝮蛇神域」，意在掠奪此處的大量靈石。藤吉郎和阿秀一起前往營救，然而最終還是晚了一步，阿秀趕到時道三已經身負重傷，道三在臨死前終於認出，阿秀也是自己的親子，道三得知了阿秀還活著十分欣慰，但是義龍的追兵已至，道三明白，以阿秀現在的武藝是不可能帶著重傷的自己全身而退的，因此他選擇犧牲了自己，將阿秀推進了密道，囑咐阿秀逃離美濃。阿秀不得不眼睜睜看著好不容易重逢的親生父親死在自己面前。
歷經千辛萬苦後，阿秀、藤吉郎、無明三人逃到了尾張，加入了織田信長的麾下。之後就如同歷史上一般，阿秀和藤吉郎一起經歷了桶狹間之戰（阿秀斬殺了今川義元）、墨吳一夜城（一夜城是藤吉郎拜托妖怪們造好的，蜂須賀小六和阿秀一樣是半妖）
並最終攻上稻葉山城，在那裏，阿秀直面了自己的孿生兄弟/姐妹——齋藤義龍，義龍有著和阿秀完全一樣的面容，為了給道三報仇，阿秀和義龍展開了激戰，最終阿秀獲勝，而落敗的義龍極其痛苦的死去了。原來他是被果心居士附體了，殺死齋藤道三也是果心居士的主意。這是幼年之後，阿秀再一次直面果心居士。
阿秀和藤吉郎立下了赫赫功勛，藤吉郎因此想要請織田信長為自己改名，取藤吉郎的「吉」和秀千代的「秀」，更名為「吉秀」，信長同意了他的請求，但是將兩個字倒了過來，賜予藤吉郎和阿秀兩人「秀吉」之名。
藤吉郎和阿秀在織田家十分活躍，歷經了金琦大撤退（阿秀在這裏見到了已經廢棄的楚葉矢村，並解開了無明的心結，同時發現了無明的項鏈正是楚葉矢丸的刀顎），姊川合戰，小谷城之戰。信長賞賜給了藤吉郎和阿秀一座城，即為長濱城。但是藤吉郎並不開心，因為長期接觸靈石的副作用，藤吉郎失去了生育能力，然而他的好友無論阿秀還是小六都是半妖，並不能理解他的痛苦，這讓他的內心與阿秀產生了間隙。
最終，在幫助信長征服了石山本願寺後，藤吉郎的負面情緒徹底爆發了，附體在明智家臣齋藤利三身上的果心居士看準了這個機會乘虛而入，誘惑了藤吉郎，鬼迷心竅之下，藤吉郎默許了明智光秀對織田信長的反叛。信長命令藤吉郎和阿秀的秀吉軍攻打毛利家，藤吉郎先行一步，並命令阿秀率軍隨後跟上。
本能寺之變爆發，阿秀和無明前往本能寺想救出信長夫婦，但是未能成功。隨後就是如同劇本般上演的中國大回返，秀吉以不可思議的速度和毛利談和並率軍反攻明智軍，天王山之戰爆發，齋藤利三終於露出了果心居士的真面目，想要殺死光秀，卻被及時趕到的阿秀阻止。阿秀將果心居士從利三身上驅離後，利三終於恢復了人性，清醒後的他立刻意識到自己犯下了彌天大罪，並請求阿秀去救光秀。但利三本人卻被隨後趕到的藤吉郎刺死。看到這一幕的阿秀終於明白自本能寺開始的所有陰謀藤吉郎全部參與其中的事實。
出於對藤吉郎欺騙自己的憤怒以及對被利用的光秀的同情，阿秀離開了藤吉郎前去搜尋光秀。藤吉郎看著阿秀的背影悵然若失，「秀吉」之名從此開始決裂了。
阿秀救下了光秀後，光秀決心彌補自己的過錯，他出家為僧，法號天海，並與阿秀一同前往三河投靠了德川家。
阿秀決定要阻止藤吉郎進一步作出無可挽回的錯事，然而在北之莊城，阿秀沒能救下柴田勝家和阿市夫婦，從那一刻起阿秀終於明白，自己這位老友已經無法回頭了。
德川對豐臣的小牧長久手之戰爆發，阿秀終於有機會正面面對藤吉郎，名為「秀吉」的兩人此刻卻不得不以生死相搏。阿秀最終殺死了執迷不悟的藤吉郎，或許阿秀認為，這是幫老友從那場迷夢中清醒過來的唯一方法了。
但是在阿秀離開後，藤吉郎的屍體被果心居士以妖力復活為妖怪並附身，並引發了逢魔時刻，使得包括小六在內的大量妖怪暴走。阿秀和無明一路阻止妖怪們，一路接近逢魔時刻的中心，在那裏阿秀解決了引發逢魔時刻的靈石妖怪大太法師，解除了逢魔時刻。
阿秀隨後被妖怪化的藤吉郎偷襲，藤吉郎使用阿秀自己的小刀刺殺了阿秀。
阿秀死去後來到了名為中陰之間的人世和地獄的中間地帶，並在這裏見到了早已病死的半兵衛，以及自己的母親——深芳野。
深芳野向阿秀揭示了附身在藤吉郎身上的果心居士就是傳說中的大妖大嶽丸的事實，阿秀體內同時流著楚葉矢和妖怪的血，必須手持楚葉矢丸將大嶽丸封印在歷代無明們封印大妖怪的「平等院」內。
阿秀再度復活回到了人間，來到平等院，無明在這裏等著自己，從無明口中得知，藤吉郎的豐臣家已經統一了日本，結束了戰國亂世。阿秀和無明在平等院最深處見到了三個台座，其中兩個台座上分別有兩位武士以自己的身軀封印鎮住了其中的大妖。然而藤吉郎也在此處。他解放了那兩個台座中封印的大妖怪——即為和大嶽丸並稱為三大妖怪的酒吞童子和玉藻前。
酒吞童子留下和阿秀一戰並落敗，玉藻前則逃離了平等之間（在仁王1 DLC中被威廉斬殺）
阿秀和無明在平等院最深處看到了初代無明使用楚葉矢丸斬殺大嶽丸的壁畫，而根據深芳野的說法，要斬殺大嶽丸必須要楚葉矢丸。無明將自己身上的楚葉矢丸的刀顎交給了阿秀，但是要重鑄楚葉矢丸，還需要大量的靈石，在這個時代，只有一個地方有如此大量的靈石——藤吉郎的居所，京都聚樂第。
阿秀和無明成功潛入了聚樂第，這座藤吉郎打造的黃金之都。在無明的掩護下，阿秀過關斬將，並最終擊敗了藤吉郎放出的大妖長壁姬，獲得了此處的大量靈石，楚葉矢丸得以重鑄。
事情只剩下了一件，那就是手持楚葉矢丸，擊敗藤吉郎，然後封印大嶽丸。在出雲阿國的幫助下，兩人潛入了藤吉郎的居所，最終，阿秀和藤吉郎在一棵櫻花樹下重逢了，一如兩人初次見面的十三櫻村的那棵。然而此時的兩人已經是不死不休的關系。
兩人再度展開了搏殺，妖化後的藤吉郎力量今非昔比，阿秀一度陷入了苦戰，但是最終還是戰勝了自己這位舊友。藤吉郎受到阿秀的致命一擊後，體內的妖力被清除，此時藤吉郎終於清醒了過來，對阿秀阻止自己表示感謝後，心滿意足的與世長辭了。
阿秀還來不及悲傷，果心居士就從藤吉郎的屍身內再度出現，這一次，果心居士不打算再放過這個楚葉矢的傳人了。一番力戰後，阿秀用復原後的楚葉矢丸成功擊敗了果心居士，並得到了封存大嶽丸妖力的角。
此時阿秀已經明白，要封印大嶽丸，必須要和自己的前輩們一樣，以身體為牢籠，封住大嶽丸的妖力。在無明的見證下，阿秀擊碎了大嶽丸的角，將大嶽丸的靈魂和妖力封存在自己體內，並陷入了長達十多年的沈睡。
……
【在阿秀沈睡期間，發生了仁王1的全部故事】
……
威廉在無明的委托下來到平等院，揭開了阿秀的封印，然而因為沈睡時間過長，加上大嶽丸的妖力影響，阿秀的腦子並不清醒，於是1代和2代的主角在平等之間展開了一場大戰。阿秀最終在威廉的幫助下清醒了過來，此時無明趕到，兩人一起向阿秀告知了事情的原委。原來一個叫瑪利亞的西班牙海盜（詳情見仁王1DLC）盜取了藤吉郎的屍體和大量靈石，想要達成自己的目的，而隨著阿秀的清醒，大嶽丸的意識化身果心居士居然也再度出現了，但是這也是個好機會，可以將大嶽丸一勞永逸的永遠殺死的機會，楚葉矢的終極使命又一次落在了阿秀的肩上。
阿秀沒有猶豫，立刻和威廉與無明一起出發。最終在平等院最深處，在果心居士想要再度附體藤吉郎的瞬間，阿秀挺身而出，讓果心居士進入了自己的體內。
隨後，在阿秀的識海之中，阿秀終於可以直面一切悲劇的始作俑者——大嶽丸。大嶽丸一度壓制了阿秀，然而此時一個意想不到的助力進入了阿秀的識海——藤吉郎，藤吉郎擁有將荒魂轉化為和魂的能力，在藤吉郎的幫助下，阿秀成功擊殺了大嶽丸，徹底終結了這個大妖。
回到現世的阿秀，見到了恢復正常的藤吉郎。正如兩人初次見面一樣，藤吉郎用靈石的力量穩定了阿秀的和魂。阿秀、藤吉郎、無明三人就好像三個多年未見的老友一般互相打趣了起來。
瑪利亞的算盤落空了，她被威廉抓住遣返回國。藤吉郎再也沒有遺憾，心滿意足地念著自己的辭世詩，渡過了三途川往生了。威廉回到了自己家中，在那裏，半藏正在教導威廉和阿勝的孩子——喬瑟夫。
而阿秀，和無明一起回到了故事開始的地方——十三櫻村，在那棵櫻花樹下，無明和當初的藤吉郎一樣向阿秀發出了邀請——「反正你也沒處可去，跟我來吧」
【仁王2 完】
