（多圖預警~）
謝 @Damon @唐夢露 邀請~
勉強回答一下：
動畫中的傳說精靈很多都不止一只，甚至有一群，而且TV動畫中聯盟授權個人擁有神獸，並且參賽 。大多數傳說中的寶可夢，都在動畫、劇場版中反復出現，而且明確表示並非唯一，甚至有自己的「族群」，完全不是唯一存在的，也有部份是前後出現的兩只明顯不是同一個，所以，傳說中的寶可夢在動畫中一定程度上是比較「泛濫」的。
首先，是主系列TV動畫中直接出現的多只神獸，例如無印篇的「洛奇亞母子」 ，在TV動畫無印篇後期的城都聯盟中，漩渦列島篇就是圍繞洛奇亞的劇情展開的：
在漩渦列島，是有兩只洛奇亞同時出現的，而且屬於親子關系，同時還有育雛行為。至少，在TV動畫中，洛奇亞是有「繁衍」行為的，可以推測洛奇亞族群即使再稀有，應該也遠不止一只。
同樣地，在DP篇（珍珠鉆石）中也出現了席多藍恩，同樣也是遊戲中定點捕獲，只有一只的傳說寶可夢，然而並不怎麽「稀有」，小智一行人遇到一只遇險的，被巡護員帶回到了自然保育區，然而在聯盟註冊處，又遇到了另一只，顯然不是同一只。
這些都是出現在TV動畫中的神獸，並沒有什麽神秘感，也好像不那麽稀有。
其次，就是電影世界觀中真正「大量出現」的神獸們，比如時拉比和雪米等，主要出現劇場版中，證明遊戲中的「幻獸」，在電影中都不是唯一的 。各個電影中都有類似的畫面出現：
在【時拉比超越時空的遭遇】中，就在最後出現大量時拉比，連當時還是少年的大木雪成，都在感慨原來時拉比也有這麽多夥伴，顯然並不是只有一只。
而格拉西玳亞花園中，每年都有大量謝米出現：
這些都是傳說中的寶可夢，有些還屬於遊戲中的「幻獸」，然而動畫中，並不那麽值錢，整個Pokemon世界中，至少有十幾只到幾十只的樣子。
同理，蓋諾賽克特也是一群一群地出現，因為最初他們就是被當做「軍團」制造出來的：
還有就是初代劇場版【超夢的逆襲】中的超夢，和同樣來自電影世界觀後面的超夢，明顯也不是同一個人（聲音都不同），顯然即使是人類創造出來的寶可夢，也顯然不只是一只。
最後，就是橫跨在TV動畫和劇場版之間，多次出現的精靈，雖然是橫跨電影、動畫兩條故事線，但是從種種側面可以看出明顯不是同一只神獸：
基拉祈在電影和TV動畫中設定比較統一，每一次蘇醒後都要經歷千年的沈睡，而小智在法恩斯遇到的那一只，已經進入沈睡狀態（時間大致對應TV動畫的豐緣地區前期），需要1000年時間再度蘇醒，然而在TV動畫中，小智在合眾又遇到了一只。
這顯然並不是同一只，除非小智1010歲（這後來成為觀眾們口中的一個梗），不然小智是無法見證同一只基拉祈再一次蘇醒並出現在世間，可以說這就是完全不同的另一只基拉祈，這樣看來，基拉祈也不止一只。
同樣在【破壞之繭】中（對應XY篇動畫前期），哲爾尼亞斯（X鹿）為了「修復」伊菲爾塔爾（Y鳥）造成的破壞，也一度陷入了「休眠」狀態。然而，電影上映後不久（應該是一個月都不到），在XY篇的TV動畫中，尤莉嘉就再次「目擊」了一只哲爾尼亞斯。
這顯然也不是同一只，當然尤莉嘉自己也沒啥記憶，但是出現的地點和時間顯然暗示這和電影中的哲爾尼亞斯並不是同一只，即使在同一個地區，傳說中的寶可夢可能都不止1個。
當然，還有很多情況是TV動畫中的傳說中寶可夢都不止一種顏色（顯然不是同一只）：
TV動畫中和劇場版，水君多次出現，小智剛剛來到城都地區，就立即「目擊」了一次水君，同時城都地區的米那君也一直追尋水君的蹤影，然而無論是小智在城都地區還是神奧地區遇到的「水君」，還是劇場版【時拉比超越時空的遭遇】中的水君，都是普通顏色的。
你即使認為上述三只水君（電影、城都、神奧）都是同一只水君，那麽也和【幻影的霸者】中出現的「異色」（俗稱閃光）水君不同，絕對是不同的兩個個體。同時【幻影的霸者】中，還有「異色」的雷公和炎帝，與TV動畫中以及【雷皇傳說】、【結晶塔的帝王】中出現的炎帝、雷公，均有明顯差別，顯然都不止一只。
TV動畫世界觀中，傳說中的寶可夢「泛濫」到不少訓練師手中都有，並且拿來參加聯盟大賽 。比如神奧地區的達克多，不僅僅有達庫萊伊（噩夢神）還有一只拉提歐斯（藍水督），後者在電影中死亡，而關都地區的道館檢查員喬伊，則有一只拉提亞斯（紅水督），顯然也不是親吻小智的那一只。
所以，綜上所述，TV動畫世界觀中（包含之前和TV動畫共享世界觀的電影），神獸從來都不是唯一存在的，而且似乎一點都不算「稀有」，不僅僅多次出現不同的個體，而且聯盟竟然允許訓練師個人擁有，肯定絕不是只有一只的。
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