我觉得有一个原因可能是来自历史的习惯。
从我最早接触电脑（大概1998年左右）就有类似的说法，要分区，C盘不能太大，所有东西不能全装C盘，尤其到2000年左右这种说法特别流行，基本上覆盖Windows95-WindowsXP这一系列的Windows版本。反倒是后来（2010年以后）这种说法渐渐少了。
如果回头去看那个年代的Windows，如果C盘文件太多，或者太大，确实会影响速度。Win95-WinMe主要还是用FAT/FAT32，这个文件系统有一个问题就是如果文件太多，检索速度会很慢，因为目录结构在磁盘上不是按树来存储，直接就是列表，需要一项一项的查，很慢。并且早期Windows的磁盘缓存策略（我根据后来的FAT驱动猜的）可能有点傻，一个分区的缓存大小基本固定。如果磁盘大了，缓存不会更大，这种情况下，分区多一点，文件系统的性能反而好。
我估计是因为这个原因，早年才有了C盘不能太大说法，从这个角度看，确实如此。
甚至我不排除早年的NTFS驱动也有类似的问题（虽然NTFS是B+树，但缓存大小还是有限制的）。
另外，补充一点评论里的内容，在Win2000之前，Windows的稳定性是很差的，流氓软件又太多，动不动可能就要重装一下系统。那时候，重装系统的成本太高，所以也就有了把数据放到别的盘上的说法。
现在这些问题已经基本上不存在了，但估计是过去的时候口口相传才有今天的这种说法。
其实别的方面也有，比如现在还有不少人认为新买的手机、笔记本应该充分充放电几次才好，其实锂电池早就不用这样了。
补充一点，NTFS分区在文件数量特别多的情况下还是会慢一些的，比如一个磁盘上放着上百万个文件，性能是会有点下降。
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补充，前面的回答大概是一年前写的，其实对于SSD来说，如果物理磁盘（不一定是C盘，而是SSD上的所有分区）太满，比如使用率超过90%的话，性能是会下降的。
考虑到「C盘太慢影响速度」的传言历史久远，在没有SSD的时代就有这样的说法。所以，跟SSD关系不大。
在SSD普及的时代，这句话其实还多少有一点正确性在里面。
