有些人會認為在我們的身體裏居住了一個靈魂，我們肉體會淪陷，但靈魂卻永存。這要從科學的角度試著去證實，卻極其困難，而1848年發生的一個意外事故，開始讓心理學家也開始去思考和研究這個問題：究竟是什麽決定了一個人是他自己？
1848年9月的一天，一位叫做菲尼亞斯·蓋奇(Phineas Gage)的美國鐵路工人遭受了一次可怕的頭部損傷。炸藥爆炸將一根鐵棒炸飛，鐵棒正好斜向上插入蓋奇的面部，穿過他腦的前部，撕毀了他大腦左側額葉的組織，最後從頭的頂部穿出。令人驚奇的是，他奇跡般地活了下來，並過了12年才離開人世。但在這12年中，他的心理發生了翻天覆地的變化。那些熟知他的人評論說，蓋奇原本是一個可以信賴的可愛工頭，但由於自此以後卻變成了一個不負責任的、粗暴的惡棍。就本質而言，他已經不再是他自己。
如果肉體只是我們的靈魂臨時居住的場所，只是靈魂借以行動的「工具」，蓋奇的經歷卻不得不讓心理學家去思考：蓋奇雖然在腦部嚴重受傷後得以存活，但卻像完全換了個人，他已經不再是他自己，好像身體雖然還存在，但靈魂卻換了個人。心理學家試著去找到一些可信的手段去研究蓋奇的心理究竟發生了什麽，好在現在的心理學家可以借助諸如腦電圖、CT、PET、核磁、近紅外等手段去完成這樣的研究，經過一系列的研究發現：人腦才是心理的器官。
人腦的構造極其復雜，為了了解腦和心理的關系，我們可以先簡單了解一下腦的基本結構和功能：
腦幹
腦幹主要包含四個部份：延髓、腦橋、網狀結構和丘腦，它們主要負責基本的生命機能：呼吸、心跳、警醒、運動、平衡和對於感覺資訊的早期處理。
小腦
與腦幹和更高級的神經中樞密切合作，控制那些我們不需要思考其細節便能進行的復雜動作，比如行走、跳舞或用杯子喝水。研究還顯示，小腦幫助我們讓一系列事件保持有序。
邊緣系統
這一層腦組織不但有處理記憶和控制復雜動機及情緒的模組，而且還有涉及愉悅和痛苦感受的模組。正是邊緣系統產生了恐懼、憤怒和欣喜的情緒。
1. 海馬體
海馬體的功能是將你的現在和過去聯系起來，它還能幫助你記住事物的空間位置。1953年的時候，H.M.亨利·古斯塔·莫萊森（Henry Gustav Molaison）因為癲癇嚴重威脅他的生命而進行了一次非常極端、實驗性的腦手術，手術切除了H.M.兩邊絕大多數的海馬體，手術雖然成功減少了癲癇發作的次數，但術後他每做一件事轉頭就會忘得一幹二凈。
2.杏仁核
杏仁核與攻擊性和恐懼有關，杏仁核似乎能幫助我們記住對情感沖擊很大的事件，比如大地震這樣的災難性事件。
3. 下丘腦
下丘腦中有一些腦的獎賞回路，即「愉悅中樞」。當你的食欲和性欲得到滿足的時候，這些「愉悅中樞」會讓你感覺良好。下丘腦與情緒還有一種聯系，當人們碰到壓力或讓人情緒不穩定的事情時，它會透過植物性神經向體內器官發出指令來控制身體的反應。同時，它也會向腦垂體發出指令，隨後腦垂體再控制激素的分泌，讓身體做出能夠應對壓力的反應。
大腦皮層
1. 額葉
額葉裏我們可以找到共同合作以完成高級智力功能（如計劃、決策和感知）的模組，而且這一區域還對於人格和氣質的形成有重要的作用，一開始我們提到的蓋奇的案例就是因為額葉受損而引起了人格的改變。額葉還有一項重要的功能是其中的運動皮層可以利用運動神經向隨意肌發送資訊來控制身體的運動。
2. 頂葉
頂葉是專職感覺的皮層，它是處理全身感覺（包括觸覺、冷熱、疼痛和物理壓力）資訊的主要區域；它將這些資訊與腦中的軀體圖相聯系，以此來幫助我們確定感覺的來源。
3. 枕葉
枕葉接受眼球交替傳向視覺皮層的刺激資訊，如果有人頭部不幸受到重疾而感到「眼冒金星」就跟枕葉有關。
4. 顳葉
顳葉包含聽覺皮層，收集到的聲音訊號就是被送到顳葉進行處理。除了聽覺皮層，顳葉還會用來儲存長期記憶。
另外，當我們從較為微觀的角度去觀察，大腦的功能單位是一個個腦細胞，也被稱作神經元，神經元透過電脈沖傳遞資訊，一部份傳遞神經沖動的被叫軸突，在軸突末端，電脈沖刺激神經元釋放化學資訊，被稱作神經遞質，這些遞質透過一個被稱作間隙的狹小空間傳遞至突出後膜，這就觸發了神經元產生自身的沖動，以這種方式，沖動傳播至整個大腦，傳遞過程中發生問題會導致腦部功能失調，也被稱作精神疾病。
許多因素都會導致精神心理方面的問題。一些因素是家族性的精神疾病史，父母會透過基因傳遞至下一代；嚴重的情感變動或者生活壓力過大；抑或是腦外傷。其他因素包括健康問題，如心臟疾病、荷爾蒙失調、藥物濫用或藥物上癮、神經遞質紊亂。當腦內神經遞質紊亂，神經元之間資訊傳遞就會產生問題，最常見的神經遞質是谷胺酸，它大大提高了神經沖動在神經元之間傳遞效率。患有精神疾病的患者，例如自閉癥、強迫癥、精神分裂癥、憂郁癥、阿茲海默癥患者可能在合成和套用谷胺酸方面有缺陷。5-羥色胺是另一種神經遞質，能夠調節情緒，反映饑餓感，控制睡眠，例如抑郁癥患者通常5-羥色胺含量不足。多巴胺主要負責運動，包括感受壓力和上癮表現，多巴胺含量過低或者運用缺陷可能與精神分裂癥、註意缺陷、多動障礙以及其他障礙有關。
從心理學的角度，我們的心理狀態是跟我們的生理基礎是有直接聯系的，比如嚴重的腦外傷甚至會引起人格的改變，許多的心理精神疾病也跟神經遞質有關，而這些疾病很可能都會讓我們變得不像是以前的自己。如果靈魂決定了我們是誰，在這些極端的情況下，或許也可以認為靈魂也已經改變。
