这个其实是个特别复杂的问题，说是世界难题也不为过。我只能简要回答。
烘焙用酵母可以分解单糖和双糖，但是分解不了多糖。不管是面粉还是杂粮，里面都有淀粉。淀粉是一种多糖。所以酵母不能直接分解淀粉。要让酵母作用于淀粉，就要先让淀粉水解。淀粉水解可以把多糖传换成麦芽糖和其他碳水化合物，这样酵母才能工作。水解淀粉有两种办法，一种是酸水解，一种是加淀粉酶。我们做酒酿就是要先用酒曲，酒曲产生淀粉酶分解米粒中的淀粉，然后酵母才能让淀粉分解出来的糖再分解产生酒精和糖。淀粉酶可以来自很多地方，有的植物自己就带淀粉酶。
但是淀粉和淀粉是不一样的，淀粉是大分子，有的分子结构紧密，有的分子结构松散。根据结构不同，其水解的速度也不一样。而杂粮粉和小麦粉就是因为水解速度不同，所以才导致了你说的发酵效率不同。
杂粮粉并不是完全发不起来，像玉米粉也是能够发起来的。在加纳有种传统玉米饼叫kenkey，那就是纯玉米粉发出来的，但是耗时很长，一般两天以上。
在烹饪上因为有些杂粮粉发的慢，但是又有发它们的需要，往往就会把它们和好发的粉混合，譬如说小麦粉（这种常用于面包的制作）。另外一种办法则是加baking powder这类的化学膨化剂，让其快速起发，一般是用来做发糕。（eg， cornbread)。
