我亲爱的题主你绝对是对牛顿有什么误解。
你是不是以为牛顿的一生是这么个轨迹：年轻的时候惊才绝艳，在物理学上大放光芒，年纪一大反而开始不务正业，转而研究神学，最终从一个伟大的科学家沦为一个可悲的神棍？
那你就错了。
牛顿的一生从这样的角度来理解才更接近真实情况：牛到不行的牛顿决心用自己的智慧找出上帝在设计宇宙时留下的密码，从而写出了【自然哲学的数学原理】等一大堆牛逼闪闪的著作。牛顿从来就没想过要把上帝从宇宙里面摘出去，相反，他坚定不移的相信上帝的存在并且一生都在为了证明这事而努力。
这就是为什么他的墓志铭上刻着的是「Nature and nature's laws lay hid in night; God said "Let Newton be" and all was light.」（自然的法则隐藏在黑暗之中。上帝说：让牛顿出世吧，于是一切豁然开朗。）。不过牛顿跟别人不一样的地方，在于他相信上帝这么屌，怎么可能没事干涉宇宙的运行呢？他一定是给宇宙设计了一个十分完美的运行机制，然后给了宇宙一个「第一推动力」，好让它运行起来——然后人类在宇宙里怎么折腾就跟上帝没什么关系了。
这个宇宙观叫「机械宇宙观」，也叫「钟表宇宙观」。而这种观点属于17世纪最流行、最前沿、最牛逼闪闪的宇宙观之一。弗朗西斯·腊肉（就是「读书足以怡情，足以博彩，足以长才」的那位）就曾这么解释过这种观点：「上帝开心的藏起自己的作品，直到他们被找到为止」。对于当时的科学家们来说，他们所做的一切努力都是为了寻找上帝创造这个世界的规律，所以这些科学研究根本就是跟神学紧密结合在一起的。至于您说无神论，说辩证唯物主义，说英特纳雄奈尔就一定会实现——对不起，那些东西咱们都没听说过。
所以你以为牛顿跟莱布尼茨之间旷日持久的战争仅仅是因为俩人都声称自己发明了微积分么？图样！除此之外牛顿还顶看不上莱布尼茨的「万物有灵论」和「神正论」，莱布尼茨也对牛顿的机械宇宙观不屑一顾：「上帝要是像钟表匠一样创造宇宙的话，那是不是还得定期给宇宙上弦啊？」（一般习惯以「世界就好像一个钟表，当钟表师傅完成装配之後，将钟表上发条，接著钟表会自行运作，师傅不会再过问」来比喻机械宇宙说）。而牛顿这种异端的神学思想甚至差点让他没能顺利进入剑桥大学读研究生——当年的剑桥大学三一学院研究生必须得是圣公会正式任命的牧师才成。不过牛顿如此牛逼，轻而易举的就发现了其中漏洞：你只说要成为圣公会牧师，却没给任命时限，那老子当然可以无限期拖延啊！
于是牛顿开始了自己愉快的拖延求学生涯，直到研究生毕业也没成为正式牧师。而等到日后他被任命为卢卡斯数学教授的时候，情况就大不相同了——这位大哥直接给国王写了封信，表示自己当教授可以，做牧师不行，所以要么给我把神职给免喽，要么你自己看着办。查理二世立马屁颠屁颠的就把这事给解决了，所以牛顿到死都没跟圣公会妥协。
人的一生呐，不能只看个人的奋斗，有时候也要看一看历史的进程。牛顿出世的时候，信仰上帝还是个极其理所当然的事儿——就好像今天的中国人大多都是无神论者一样正常。而同时期的科学家们都在研究些什么呢？胡克没事就把自己的胳膊放到抽成真空的玻璃罩里，看血管膨胀玩儿（顺便一提，这哥们热衷于此不能自拔，后来甚至建了一个足够大的真空室把自己放了进去，差点搞出人命）；一些发明家痴迷于「化屎为饭」；英国皇家学会会议上的热门是给狗换血，以发掘「四体液理论」深处的奥秘，以及把羊的血输送到人体内。而牛顿，牛顿为了研究光与色彩的奥秘甚至「将锥子放到眼球与骨骼中间，并尽可能伸到眼球后方，然后用锥子末端挤我的眼睛，……出现了一些深色和彩色的圆圈」。
如果我们让牛顿总结自己的一生，他一定会说自己的一生主要是做了三件微小的工作：一，确立了机械宇宙观；二，写出了自然哲学的数学原理，阐述了万有引力和三大运动定律；三， 独立 发明了微积分。
当然，在其他方面也有一些贡献，然而最主要的，是这三件事。
以上。
